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1.

Pan-cancer analyses reveal cancer-type-specific fungal ecologies and bacteriome interactions.

Narunsky-Haziza, Lian; Sepich-Poore, Gregory D; Livyatan, Ilana; Asraf, Omer; Martino, Cameron; Nejman, Deborah; Gavert, Nancy; Stajich, Jason E; Amit, Guy; González, Antonio; Wandro, Stephen; Perry, Gili; Ariel, Ruthie; Meltser, Arnon; Shaffer, Justin P; Zhu, Qiyun; Balint-Lahat, Nora; Barshack, Iris; Dadiani, Maya; Gal-Yam, Einav N; Patel, Sandip Pravin; Bashan, Amir; Swafford, Austin D; Pilpel, Yitzhak; Knight, Rob; Straussman, Ravid.

Cell; 185(20): 3789-3806.e17, 2022 09 29.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36179670

2.

Meiotic Recombination: Genetics' Good Old Scalpel.

Slomka, Shai; Pilpel, Yitzhak.

Cell; 172(3): 391-392, 2018 01 25.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29373827

3.

Repertoires of tRNAs: The Couplers of Genomics and Proteomics.

Rak, Roni; Dahan, Orna; Pilpel, Yitzhak.

Annu Rev Cell Dev Biol; 34: 239-264, 2018 10 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30125138

4.

A relay race on the evolutionary adaptation spectrum.

Yona, Avihu H; Frumkin, Idan; Pilpel, Yitzhak.

Cell; 163(3): 549-59, 2015 Oct 22.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26496602

5.

A dual program for translation regulation in cellular proliferation and differentiation.

Gingold, Hila; Tehler, Disa; Christoffersen, Nanna R; Nielsen, Morten M; Asmar, Fazila; Kooistra, Susanne M; Christophersen, Nicolaj S; Christensen, Lise Lotte; Borre, Michael; Sørensen, Karina D; Andersen, Lars D; Andersen, Claus L; Hulleman, Esther; Wurdinger, Tom; Ralfkiær, Elisabeth; Helin, Kristian; Grønbæk, Kirsten; Ørntoft, Torben; Waszak, Sebastian M; Dahan, Orna; Pedersen, Jakob Skou; Lund, Anders H; Pilpel, Yitzhak.

Cell; 158(6): 1281-1292, 2014 Sep 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25215487

6.

The evolutionary safety of mutagenic drugs should be assessed before drug approval.

Lobinska, Gabriela; Tretyachenko, Vyacheslav; Dahan, Orna; Nowak, Martin A; Pilpel, Yitzhak.

PLoS Biol; 22(3): e3002570, 2024 Mar.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38489394

7.

Systematic Detection of Amino Acid Substitutions in Proteomes Reveals Mechanistic Basis of Ribosome Errors and Selection for Translation Fidelity.

Mordret, Ernest; Dahan, Orna; Asraf, Omer; Rak, Roni; Yehonadav, Avia; Barnabas, Georgina D; Cox, Jürgen; Geiger, Tamar; Lindner, Ariel B; Pilpel, Yitzhak.

Mol Cell; 75(3): 427-441.e5, 2019 08 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31353208

8.

Evolutionary safety of lethal mutagenesis driven by antiviral treatment.

Lobinska, Gabriela; Pilpel, Yitzhak; Nowak, Martin A.

PLoS Biol; 21(8): e3002214, 2023 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37552682

9.

Aneuploidy Can Be an Evolutionary Diversion on the Path to Adaptation.

Kohanovski, Ilia; Pontz, Martin; Vande Zande, Pétra; Selmecki, Anna; Dahan, Orna; Pilpel, Yitzhak; Yona, Avihu H; Ram, Yoav.

Mol Biol Evol; 41(3)2024 Mar 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38427813

10.

An evolutionarily conserved mechanism for controlling the efficiency of protein translation.

Tuller, Tamir; Carmi, Asaf; Vestsigian, Kalin; Navon, Sivan; Dorfan, Yuval; Zaborske, John; Pan, Tao; Dahan, Orna; Furman, Itay; Pilpel, Yitzhak.

Cell; 141(2): 344-54, 2010 Apr 16.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-20403328

11.

Gene Architectures that Minimize Cost of Gene Expression.

Frumkin, Idan; Schirman, Dvir; Rotman, Aviv; Li, Fangfei; Zahavi, Liron; Mordret, Ernest; Asraf, Omer; Wu, Song; Levy, Sasha F; Pilpel, Yitzhak.

Mol Cell; 65(1): 142-153, 2017 Jan 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27989436

12.

Correction: A spatial vaccination strategy to reduce the risk of vaccine-resistant variants.

Zhang, Xiyun; Lobinska, Gabriela; Feldman, Michal; Dekel, Eddie; Nowak, Martin A; Pilpel, Yitzhak; Pauzner, Yonatan; Barzel, Baruch; Pauzner, Ady.

PLoS Comput Biol; 19(10): e1011608, 2023 Oct.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37903105

13.

Genetic redundancy: new tricks for old genes.

Kafri, Ran; Springer, Michael; Pilpel, Yitzhak.

Cell; 136(3): 389-92, 2009 Feb 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-19203571

14.

Gene architectures that minimize cost of gene expression.

Frumkin, Idan; Schirman, Dvir; Rotman, Aviv; Li, Fangfei; Zahavi, Liron; Mordret, Ernest; Asraf, Omer; Wu, Song; Levy, Sasha F; Pilpel, Yitzhak.

Mol Cell; 81(11): 2494, 2021 Jun 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34087180

15.

A broad analysis of splicing regulation in yeast using a large library of synthetic introns.

Schirman, Dvir; Yakhini, Zohar; Pilpel, Yitzhak; Dahan, Orna.

PLoS Genet; 17(9): e1009805, 2021 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34570750

16.

Dynamic changes in tRNA modifications and abundance during T cell activation.

Rak, Roni; Polonsky, Michal; Eizenberg-Magar, Inbal; Mo, Yufeng; Sakaguchi, Yuriko; Mizrahi, Orel; Nachshon, Aharon; Reich-Zeliger, Shlomit; Stern-Ginossar, Noam; Dahan, Orna; Suzuki, Tsutomu; Friedman, Nir; Pilpel, Yitzhak.

Proc Natl Acad Sci U S A; 118(42)2021 10 19.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34642250

17.

Identification and functional implications of pseudouridine RNA modification on small noncoding RNAs in the mammalian pathogen Trypanosoma brucei.

Rajan, K Shanmugha; Adler, Katerina; Doniger, Tirza; Cohen-Chalamish, Smadar; Aharon-Hefetz, Noa; Aryal, Saurav; Pilpel, Yitzhak; Tschudi, Christian; Unger, Ron; Michaeli, Shulamit.

J Biol Chem; 298(7): 102141, 2022 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35714765

18.

Fitness Landscape Analysis of a tRNA Gene Reveals that the Wild Type Allele is Sub-optimal, Yet Mutationally Robust.

Gabzi, Tzahi; Pilpel, Yitzhak; Friedlander, Tamar.

Mol Biol Evol; 39(9)2022 09 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35976926

19.

A spatial vaccination strategy to reduce the risk of vaccine-resistant variants.

Zhang, Xiyun; Lobinska, Gabriela; Feldman, Michal; Dekel, Eddie; Nowak, Martin A; Pilpel, Yitzhak; Pauzner, Yonatan; Barzel, Baruch; Pauzner, Ady.

PLoS Comput Biol; 18(8): e1010391, 2022 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35947602

20.

Evolution of intron splicing towards optimized gene expression is based on various Cis- and Trans-molecular mechanisms.

Frumkin, Idan; Yofe, Ido; Bar-Ziv, Raz; Gurvich, Yonat; Lu, Yen-Yun; Voichek, Yoav; Towers, Ruth; Schirman, Dvir; Krebber, Heike; Pilpel, Yitzhak.

PLoS Biol; 17(8): e3000423, 2019 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31442222

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